Tác phẩm bắt đầu bằng việc giới thiệu Charles Bovary, một anh chàng lớn con thực thà và chậm chạp, làm đối tượng gây cười cho bạn bè trong lớp vì vẻ "thộn" của mình, là loại người không có cá tính không có khả năng gây ra một sự ngạc nhiên nào cho ai. Tuy vậy, anh ta hiền lành chăm chỉ, tuy không thông minh nhưng cũng lên lớp đều đều rồi theo học y sĩ, cuối cùng "ra trường một cách vất vả", và về quê làm nghề thầy thuốc.

Là người con ngoan ngoãn không bao giờ có ý kiến và quan niệm riêng, Charles đã cưới một bà góa lớn tuổi "nghe đồn là khá giả" theo sự quyết định của bố mẹ anh ta. Cuộc hôn nhân cũng êm ả nếu không có sự ghen tuông của vợ anh ta. Nhất là từ khi Charles đi chữa bệnh cho một chủ trại và quen biết với con gái ông ta, cô Emma. Người vợ lớn tuổi của anh ta chết sau một cơn uất ức. Một thời gian sau đó, Charles cưới Emma.

Emma là thiếu nữ có học, được nuôi dạy trong trường dòng cho đến năm 18 tuổi mới về nhà. Thay vì học giáo lý vì các khuôn phép, ra khỏi trường Emma chỉ còn giữ lại một tâm hồn lãng mạn khát khao đi tìm một bóng hình lý tưởng, như trong các tiểu thuyết mà cô đã đọc lén khi còn ở trường dòng. Về nông thôn chẳng bao lâu, Emma chán ngán cuộc sống tẻ nhạt, nhận lời lấy Charles và thất vọng sâu sắc ngay sau cuộc hôn nhân. Nỗi buồn chán càng tăng lên sau một lần cô tham gia vũ hội, những cảm giác ngây ngất khi được tiếp xúc với cái xã hội náo nhiệt phồn hoa như tiểu thuyết. Nhưng sau đó lại buộc phải trở lại sống một cuộc sống tẻ nhạt. Để vợ khuây khỏa, Charles đưa Emma lên Yonville. Họ có một đứa con gái, nhưng Emma chẳng ngó ngàng gì đến con, bỏ mặc nó cho người vú nuôi.

Một lần nữa Emma lại chán ngán cuộc sống ở đây, với những con người chán ngắt, xấu xí, dốt nát và giả dối nhưng được xem là thành đạt và khả kính - với những đại diện tiêu biểu như dược sĩ Homer, người thu thuế Binet... Emma đã gặp Léo Dupuis - một thanh niên đang là luật sư tập sự tại thành phố đó. Dù rất si mê Emma nhưng anh ta không dám ngỏ lời vì sợ ảnh hưởng đấn con đường sự nghiệp của anh ta hãy còn đang tập sự. Emma thất vọng và trong một buổi hội chợ của thành phố, cô gặp Rodolphe và sa ngã trước những lời tán tỉnh của hắn. Vì lúc ấy trong lòng Emma rất cô đơn trống trải đang mong đang cái gì đó khác với sự đơn điệu thường ngày; bên cạnh một ông chồng hiền lành nhưng thô kệch, đã từng thất bại một lần khi liều lĩnh giải phẫu chân cho một người bị tật trong khi Emma chờ đợi thành công để tìm đôi chút lý tưởng về anh ta.

Cuộc dan díu với Rodolphe kéo dài cho đến khi y chán Emma, còn cô thì muốn kết thúc mối tình lãng mạn là một cuộc bắt cóc và chạy trốn đầy say mê như trong tiểu thuyết. Thêm vào đó khi dan díu với Rodolphe, Emma đã bị một tên lái buôn là L'heureux gạ gẫm cô mua sắm không tiếc tay và cô bắt mắc nợ. Rodolphe lẩn trốn sau khi để lại một bức thư "đầy đau khổ", Emma lâm bệnh.

Một thời gian sau Emma gặp lại Léon. Lúc này anh ta đã là luật sư và không còn ngần ngại gì nữa. Emma lại lao vào cuộc dan díu mới và rồi kết thúc bằng sự chán nán cả Léon. Khi ấy thương gia L'heureux báo cho Emma biết cô đang mắc nợ rất nhiều và nếu cô không trả kịp thì hắn sẽ tịch thu tài sản. Emma hốt hoảng tìm đến các tình nhân cũ nhờ giúp đỡ nhưng đều bị từ chối. Không dám thú thật với chồng, Emma tuyệt vọng ra cửa hàng của dược sĩ Homer mua một liều thạch tín và tự tử. Cái chết đau đớn và vật vã của Emma làm cho Charles sa sút về thể xác lẫn tinh thần. Và ít lâu sau, anh ta đột ngột chết khi đang ngồi ngoài ngoài vườn với con gái. Câu chuyện kết thúc bằng việc gã dược sĩ Homer được thưởng huy chương Bắc đẩu bội tinh.